1. Hiệu trưởng

Phụ trách, điều hành chung toàn bộ hoạt động của Nhà trường.

a. Trực tiếp phụ trách các mảng công việc:

- Xây dựng mục tiêu chiến lược và kế hoạch phát triển Nhà trường; công tác chính trị, tư tưởng, bảo vệ chính trị nội bộ.

- Công tác tổ chức bộ máy, nhân sự, đào tạo và bồi dưỡng đội ngũ cán bộ.

- Công tác kế hoạch - tài chính, cơ sở vật chất; Công tác hợp tác quốc tế.

- Công tác đào tạo liên kết.

- Chủ tài khoản của Trường Đại học Khoa học, Đại học Huế.

- Chịu trách nhiệm phát ngôn và công tác truyền thông của Nhà trường.

- Quản lý, cấp phát văn bằng, chứng chỉ các hệ đào tạo của Nhà trường.

b. Phụ trách các đơn vị:

- Phòng Tổ chức và Hành chính; Phòng Kế hoạch, Tài chính và Cơ sở vật chất; Khoa Toán; Khoa Điện, Điện tử và Công nghệ vật liệu; Khoa Công nghệ thông tin; Khoa Lý luận chính trị; Khoa Địa lý - Địa chất; Khoa Kiến trúc; Trung tâm Nghiên cứu và chuyển giao công nghệ môi trường miền Trung; Viện Nghiên cứu hoạt chất sinh học.

- Kiêm Giám đốc Trung tâm Tin học, Viện trưởng Viện Nghiên cứu và Ứng dụng Khoa học Công nghệ.

- Sinh hoạt chính quyền tại Phòng Tổ chức và Hành chính.

2. Phó Hiệu trưởng PGS.TS. Trần Ngọc Tuyền

- Thường trực điều hành và giải quyết công việc của Nhà trường theo ủy quyền khi Hiệu trưởng đi công tác vắng.

- Giúp Hiệu trưởng phát ngôn và công tác truyền thông của Nhà trường.

a. Phụ trách các mảng công việc

- Công tác đào tạo đại học, sau đại học, công tác học sinh, sinh viên và Trường THPT chuyên.

- Công tác khởi nghiệp sinh viên và quan hệ với doanh nghiệp, công tác đổi mới và sáng tạo của Nhà trường.

- Công tác khảo thí và đảm bảo chất lượng giáo dục; ứng dụng và phát triển công nghệ thông tin của Nhà trường.

- Giúp Hiệu trưởng giải quyết một số công việc liên quan đến công tác đào tạo liên kết.

b. Phụ trách các đơn vị:

- Phòng Đào tạo đại học và Công tác sinh viên; Phòng Đào tạo Sau đại học; Phòng Khảo thí và Bảo đảm chất lượng giáo dục; Khoa Hóa học; Khoa Sinh học; Khoa Môi trường; Khoa Xã hội học và Công tác xã hội; Trường THPT Chuyên Khoa học Huế; Trung tâm Nghiên cứu Quản lý và phát triển vùng Duyên hải.

- Sinh hoạt chính quyền tại Phòng Đào tạo đại học và Công tác sinh viên.

2. Phó Hiệu trưởng TS. Phan Tuấn Anh

a. Phụ trách các mảng công việc

- Công tác khoa học và công nghệ, Tạp chí Khoa học và Công nghệ.

- Giúp Hiệu trưởng giải quyết một số công việc liên quan đến công tác hợp tác quốc tế.

- Công tác hành chính, tổng hợp, thanh tra, pháp chế, thi đua, khen thưởng.

- Công tác bảo vệ, Nhà ở chuyên gia và giảng viên thỉnh giảng (Nhà khách của Nhà trường); Công tác phòng cháy, chữa cháy, phòng chống lụt bão, tìm kiếm cứu nạn và cứu hộ.

- Công tác phòng, chống tham nhũng và thực hành tiết kiệm.

- Đảm trách công tác Công đoàn, công tác Vì sự tiến bộ của phụ nữ; phối hợp với Công đoàn tổ chức các hoạt động liên quan đến đoàn viên công đoàn, người lao động và các công tác Hội Cựu chiến binh, Quân sự, tự vệ, Hội Cựu giáo chức.

- Các hoạt động văn hóa, văn nghệ, thể dục, thể thao, công tác Đoàn Thanh niên cộng sản Hồ Chí Minh, Hội Sinh viên; phối hợp với Đoàn Thanh niên, Hội Sinh viên nhà trường tổ chức các hoạt động liên quan đến Đoàn Thanh niên và Hội Sinh viên.

b. Phụ trách các đơn vị

- Phòng Khoa học, Công nghệ và Hợp tác quốc tế; Khoa Lịch sử; Khoa Ngữ văn; Khoa Báo chí - Truyền thông; Trung tâm Thông tin và Thư viện; Trung tâm Khoa học Xã hội và Nhân văn.

- Sinh hoạt chính quyền tại Phòng Khoa học, Công nghệ và Hợp tác quốc tế.